端末室のWindowsPCが更新され、初期状態に戻ったところ、なぜかRstudioがうまく動作しなくなりました。Macintosh版をアップグレードした際も似たようなエラーが出ます。
いろいろと調べて試したところ何とか復旧。備忘としてここに作業内容を残しておきたいと思います。
【コンパイルレポート】
まず、初期状態ではRstudioのコンパイルレポートボタンを押しても出力できません。コンソールペインにてinstall.packagesでパッケージのインストールをおこなってもエラーが出ます。しかしコンパイルレポートを実行するためにはkntr、markdown、rmarkdownの３つのパッケージが必要なようです。これらはcranからzipファイルをダウンロードし、Packagesタブからinstallボタンを選ぶとインストールできました。
xfunというパッケージはこの方法でもダメのようです。xfunの古いバージョンがインストールされます。Rtools42 for Windowsというソフトをcranからダウンロード＆インストールし、makeを使えるようにする必要があるようです。このソフトをインストール後Rstudioを再起動し、cranからダウンロードしたxfunのtarファイルをRstudioからインストール。
これで何とかコンパイルレポートが出力できるようになりました。
【いくつかのパッケージ】
haven、car、psych、というパッケージはコンソールペインでinstall.packagesによりインストールできるようです。ただ、carのインストールがうまくいかないことがあり、その場合はcranからcarのzipファイルをダウンロードしてRstudioからインストールするとよいようです。
この他、jquerylibというパッケージをコンソールペインでinstall.packagesによりインストールする必要がある場合もあります。
【pequod】
重回帰分析のためのパッケージpequodがコンソールペインにてinstall.packagesでインストールしようとしましたができません。こちらは、cranからpequodのtarファイルをダウンロードするとインストールできました。ただし、あらかじめggplot2とcarがインストールされている必要があるようです。
pequodはcranリポジトリから削除されているようですが、今のところアーカイブからダウンロードすることができます。
https://CRAN.R-project.org/package=pequod
これでようやく目当ての作業が一通りできるようになりました。
